Nhằm ứng phó với cơn bão mạnh này, Chính phủ Cuba đã yêu cầu Hội đồng quốc phòng triển khai các phương án phòng chống bão, bao gồm: sơ tán người dân, bảo vệ tài sản vật chất, thu hoạch mùa màng sớm, đảm bảo lương thực cho người dân và chuẩn bị máy phát điện ở những khu vực dễ bị tổn thương nhất. Bên cạnh đó, Chính phủ Cuba đã tạm đóng cửa trường học các cấp, tạm dừng các hoạt động phi thiết yếu ở các địa phương nơi bão có thể đi qua.
Rafael là cơn bão mạnh thứ hai trong vòng ba tuần qua đổ bộ vào Cuba, sau bão Oscar. Cơ quan Phòng vệ dân sự Cuba xác nhận, bão Oscar đổ bộ vào miền Tây nước này đã khiến ít nhất 7 người đã thiệt mạng, hàng nghìn người phải sơ tán, hơn 1.000 ngôi nhà bị hư hại, gây nhiều thiệt hại về cơ sở hạ tầng khác.