Tại phiên phúc thẩm, Hội đồng xét xử đánh giá, các bị cáo có kháng án đã thành khẩn khai báo, ăn năn hối cải và trình bày hoàn cảnh gia đình khó khăn của mỗi người. Một số bị cáo cũng có thêm tình tiết mới để làm căn cứ xét kháng cáo.
Bị cáo Nguyễn Duy Hưng nộp khắc phục hậu quả thêm 47 tỷ đồng, Trần Anh Quang (cựu Tổng Giám đốc Tập đoàn Thuận An) nộp lại thêm 500 triệu đồng. Từ đó, hậu quả vụ án của vụ án được khắc phục toàn bộ.
Từ đó, Tòa phúc thẩm chấp nhận kháng cáo, tuyên phạt cựu Chủ tịch Tập đoàn Thuận An Nguyễn Duy Hưng 7 năm, 6 tháng tù. Trước đó, bị cáo Nguyễn Duy Hưng bị Tòa án cấp sơ thẩm tuyên phạt 10 năm 6 tháng tù về tội “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng”.
Cùng tội này, Tòa phúc thẩm tuyên Trần Anh Quang (cựu Tổng Giám đốc Tập đoàn Thuận An) 5 năm tù; Nguyễn Khắc Mẫn (cựu Phó Tổng Giám đốc Tập đoàn Thuận An) 3 năm tù .
Một số bị cáo được Tòa phúc thẩm cho hưởng án treo. Tòa phúc thẩm cũng giảm án cho những bị cáo không có đơn kháng cáo, bị cáo có đơn nhưng đã rút kháng cáo, trong đó có: bị cáo Phạm Thái Hà (cựu Phó Chủ nhiệm Văn phòng Quốc hội), Lê Ô Pích (cựu Phó Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Giang cũ).
Tòa tuyên bị cáo Phạm Thái Hà 4 năm 9 tháng (án sơ thẩm 5 năm 6 tháng) về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi”. Còn bị cáo Lê Ô Pích 2 năm 3 tháng (án sơ thẩm 3 năm tù) về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Về căn cứ giảm án cho bị cáo Phạm Thái Hà và một số người không có kháng cáo hoặc đã rút kháng cáo, Tòa phúc thẩm đánh giá họ có thêm nhiều tình tiết giảm nhẹ mới, đồng thời lượng hình trong vụ án đã được khắc phục triệt để thiệt hại.