Quỹ hoạt động theo mô hình công ty TNHH hoặc công ty cổ phần, có sự tham gia góp vốn điều lệ của Trung tâm Đổi mới sáng tạo quốc gia và các doanh nghiệp, các quỹ đầu tư, các tổ chức, cá nhân khác.
Việc quản lý, sử dụng vốn của quỹ sẽ theo nguyên tắc thị trường, chấp nhận khả năng rủi ro và đảm bảo công khai.
Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư phê duyệt điều lệ của quỹ, trong đó bao gồm loại hình doanh nghiệp, cơ cấu tổ chức, vốn điều lệ, mức vốn góp của Trung tâm Đổi mới sáng tạo quốc gia, cơ chế thu hút, ủy thác nguồn vốn đầu tư, cơ chế tài trợ cho đổi mới sáng tạo, khởi nghiệp, tỷ lệ chấp nhận rủi ro của quỹ trong hoạt động đầu tư.