Thủ tục đầu tư đặc biệt có một số điểm khác biệt so với việc thực hiện các dự án đầu tư thông thường khác, trong đó lược bỏ một số giấy phép, thủ tục mà nhà đầu tư phải thực hiện với cơ quan Nhà nước trong quá trình thực hiện dự án đầu tư.
Thay vào đó, nhà đầu tư sẽ cam kết thực hiện các tiêu chuẩn, điều kiện, quy chuẩn kỹ thuật theo quy định của pháp luật về xây dựng, bảo vệ môi trường, phòng cháy, chữa cháy.
Thủ tục đầu tư đặc biệt sẽ lược bỏ khá nhiều các loại giấy phép, thủ tục hành chính trong quá trình thực hiện đầu tư cho nhà đầu tư các dự án công nghệ cao trong khu công nghiệp. Trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày nhận được hồ sơ của nhà đầu tư theo thủ tục đầu tư đặc biệt, Ban Quản lý khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao, khu kinh tế đánh giá hồ sơ và cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư.
Đây là một bước đột phá lớn trong quy định của pháp luật về đầu tư và kỳ vọng sẽ thu hút được các nhà đầu tư trong những lĩnh vực công nghệ cao.