Theo cơ quan quản lý, từ ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng tại thông báo Kết luận số 624 ngày 16/11, quan điểm xuyên suốt và quan trọng nhất trong quá trình xây dựng Dự thảo Nghị quyết về phát triển công dân số là tuân thủ tuyệt đối Hiến pháp và pháp luật, bảo đảm quyền con người, quyền công dân: "Việc ban hành Nghị quyết này không làm giảm hay hạn chế bất kỳ quyền và lợi ích hợp pháp nào của công dân đã được Hiến pháp quy định; ngược lại, đây là bước đi nhằm cụ thể hóa và bảo vệ các quyền đó trên môi trường mạng, khắc phục tình trạng quy định tản mạn, thiếu thống nhất hiện nay tại các luật chuyên ngành".
Ứng dụng VNeID được định hướng phát triển cung cấp các tiện ích nhằm phục vụ tốt nhất cho quyền lợi của người dân, bao gồm: tích hợp ví điện tử, kênh thanh toán, chi trả an sinh xã hội, cung cấp "chữ ký số cá nhân" an toàn miễn phí để thực hiện giao dịch dân sự và phát triển kênh giao tiếp chính thống để công dân thực hiện quyền phản biện và góp ý với chính quyền.
Để khuyến khích người dân chủ động tham gia, Dự thảo đề xuất cơ chế ghi nhận mức độ tích cực tham gia của công dân trên môi trường số gắn liền với các ưu đãi thiết thực. Dựa trên mức độ tích cực trau dồi kỹ năng số, tham gia dịch vụ công, các giao dịch số khác, công dân sẽ được hưởng thêm các chính sách miễn giảm thuế, phí như: miễn 100% phí, lệ phí cho các thủ tục thiết yếu và đề xuất giảm tới 10% một số loại thuế, lệ phí trước bạ.
Cơ quan quản lý lưu ý, việc ghi nhận mức độ tích cực của công dân tham gia trên môi trường số chỉ được áp dụng để khuyến khích công dân. Hệ thống này không sử dụng để phân biệt đối xử công dân và không áp dụng trong xử phạt vi phạm hành chính hay các biện pháp khác làm hạn chế quyền và lợi ích của công dân.