Trong thời gian xây dựng, phê duyệt, triển khai kế hoạch tái cơ cấu Ngân hàng SCB giai đoạn 2015 - 2019, Ngân hàng Nhà nước đã chỉ đạo Cơ quan Thanh tra giám sát ngân hàng triển khai ba đoàn thanh tra tiến hành hoạt động thanh tra đối với Ngân hàng SCB gồm: Thanh tra Ngân hàng SCB năm 2014-2015 về việc thanh tra hợp nhất Ngân hàng SCB do Cục Thanh tra, giám sát ngân hàng TP Hồ Chí Minh (Cục II), Cơ quan Thanh tra giám sát ngân hàng tiến hành; Thanh tra Ngân hàng SCB năm 2016 về việc thanh tra giữ hộ vàng, kiểm quỹ vàng tại Ngân hàng SCB do Cục Thanh tra, giám sát ngân hàng TP Hồ Chí Minh (Cục II), Cơ quan Thanh tra giám sát ngân hàng tiến hành và đã ban hành kết luận thanh tra; Thanh tra Ngân hàng SCB năm 2017 - 2018 do Ngân hàng Nhà nước chủ trì, phối hợp với Thanh tra Chính phủ, Kiểm toán Nhà nước, Ủy ban Giám sát tài chính Quốc gia tiến hành và Cơ quan Thanh tra giám sát ngân hàng đã ban hành Kết luận thanh tra số 3959 ngày 4/12/2018.

Tuy nhiên, quá trình thanh tra tại Ngân hàng SCB, các cá nhân là lãnh đạo Cơ quan Thanh tra giám sát ngân hàng, Trưởng đoàn, Phó trưởng đoàn và các thành viên Đoàn thanh tra đã có các sai phạm, vi phạm nghiêm trọng, nhận tiền, quà, lợi ích vật chất từ Ngân hàng SCB, bao che, bưng bít, báo cáo không trung thực, không đầy đủ kết quả thanh tra cho Ngân hàng Nhà nước, để Ngân hàng Nhà nước không có đủ thông tin, tài liệu phục vụ tham mưu, chỉ đạo xử lý các sai phạm của Ngân hàng SCB, ngăn chặn hành vi phạm tội của Trương Mỹ Lan và đồng phạm xảy ra tại Ngân hàng SCB.

Cụ thể, Đỗ Thị Nhàn đã nhận hối lộ số tiền đặc biệt lớn lên đến 5,2 triệu USD. Cùng với đó, từ tháng 4/2016 đến 1/1/2018, Nguyễn Văn Hưng đã nhiều lần nhận quà là tiền từ lãnh đạo SCB tổng cộng 390.000 USD (tương đương 8,7 tỉ đồng). Trong đó, riêng thời gian thực hiện thanh tra, ông Hưng nhận 310.000 USD.

Bị can Nguyễn Thị Phụng, Phó Trưởng đoàn thanh tra, thừa nhận nhiều lần nhận tiền từ SCB với tổng số tiền 20.000 USD và 210 triệu đồng, quà và lợi ích vật chất từ SCB gồm một đồng hồ, một túi xách và một chiếc khăn trong quá trình thanh tra. Đỗ Anh Tuấn, Tổ trưởng Tổ Thanh tra số 3, đã bốn lần nhận tiền của SCB, mỗi lần 10.000 USD tổng cộng 40.000 USD. Tuấn đã trả lại 20.000 USD, còn lại sử dụng cá nhân. Tuấn đã chủ động phối hợp cùng gia đình nộp lại toàn bộ số tiền này để khắc phục hậu quả.

Trần Văn Tuấn, Tổ trưởng Tổ thanh tra số 4, cũng bốn lần được SCB đưa tiền, quà, lợi ích vật chất tổng cộng 6.000 USD và 40 triệu đồng.

Lê Thanh Hà, Tổ trưởng Tổ Thanh tra số 5, thì 5 lần nhận tiền từ tổng giám đốc SCB và các giám đốc chi nhánh Gia Lai, chi nhánh Hai Bà Trưng, tổng cộng 14.000 USD và 100 triệu đồng.

Trương Việt Hưng, thành viên Tổ Thanh tra số 4, chưa thừa nhận việc nhận tiền và quà từ SCB trong quá trình tham gia đoàn thanh tra. Tuy nhiên lời khai của các thành viên trong tổ thanh tra và các cá nhân tại SCB khẳng định Hưng đã hai lần nhận tiền (một lần nhận 1.000 USD, một lần nhận 5.000 USD) cho thành viên tổ 4 và các thành viên đoàn thanh tra. Nguyễn Duy Phương, thành viên tổ 4, khai hai lần được SCB đưa tiền tổng cộng 1.000 USD và 20 triệu đồng. Với số tiền 5.000 USD thì Phương không nhớ. Tuy nhiên tài liệu điều tra đến nay có cơ sở xác định SCB đưa số tiền 5.000 USD cho Phương cùng các thành viên đoàn trong một đợt nghỉ lễ trên.

Nguyễn Văn Thùy, thành viên tổ 1, khai 6 lần nhận tiền tổng cộng 21.000 USD và 60 triệu đồng từ SCB. Một số thành viên đoàn thanh tra khai 4 lần nhận tiền thì có hai lần trả lại, còn hai lần nhận tổng cộng 100 triệu đã sử dụng vào mục đích cá nhân.

Quá trình điều tra, lực lượng chức năng cho biết ngày 1/8/2017, ông Nguyễn Văn Hưng, Phó Chánh thanh tra phụ trách Cơ quan Thanh tra giám sát ngân hàng ra Quyết định số 315 thành lập Đoàn thanh tra liên ngành gồm 18 thành viên do Đỗ Thị Nhàn, Vụ trưởng Vụ thanh tra, giám sát các Tổ chức tín dụng (Vụ I), sau này là Cục trưởng Cục II thuộc Cơ quan Thanh tra giám sát ngân hàng làm Trưởng đoàn, tiến hành Thanh tra Ngân hàng SCB về 5 nội dung: “Hoạt động cấp tín dụng từ 30/6/2014; Các khoản lãi và phí phải thu; Thực trạng xử lý nợ xấu; Thực hiện kế hoạch tái cơ cấu giai đoạn 2015-2019 theo Văn bản số 756 ngày 12/8/2015 của Ngân hàng Nhà nước về cơ cấu lại, xử lý nợ xấu của Ngân hàng SCB, trong đó tập trung đối với các nội dung chủ yếu về việc thực hiện cơ cấu nợ, giữ nguyên nhóm nợ đối với các phương án, dự án tái cơ cấu; Đánh giá hoạt động quản trị, điều hành của Ngân hàng SCB đối với các nội dung thanh tra” tại Ngân hàng SCB Hội sở chính và 12 Chi nhánh.

Căn cứ Quyết định số 315, Trưởng đoàn thanh tra Đỗ Thị Nhàn ký Kế hoạch Thanh tra Ngân hàng SCB năm 2017 và đã được Nguyễn Văn Hưng người ra Quyết định thanh tra phê duyệt, nội dung. Đoàn thanh tra chia thành 5 Tổ công tác. Tổ 1 bao gồm: Đỗ Thị Nhàn, Vụ trưởng Vụ I, Cơ quan Thanh tra giám sát ngân hàng làm Trưởng đoàn kiêm Tổ trưởng; Nguyễn Văn Thùy, Phó Trưởng Ban giám sát tổng hợp là thành viên; có nhiệm vụ thực hiện thanh tra việc ban hành chính sách, quy định nội bộ của Ngân hàng SCB.

Tổ 2 bao gồm: Nguyễn Thị Phụng, Phó Vụ trưởng Vụ I, Cơ quan Thanh tra giám sát ngân hàng là Phó Trưởng đoàn kiêm Tổ trưởng; Bùi Tuấn Khoa và Vũ Khánh Linh cùng là Thanh tra viên, Phó trưởng phòng Vụ I, Cơ quan Thanh tra giám sát ngân hàng; Nguyễn Tuấn Anh, Chuyên viên Vụ I, Cơ quan Thanh tra giám sát ngân hàng là thành viên; có nhiệm vụ thực hiện thanh tra Hội sở chính, chi nhánh Cống Quỳnh và chi nhánh Cầu Giấy.

Tổ 3 bao gồm: Vương Đỗ Anh Tuấn, Thanh tra viên, Phó trưởng phòng Vụ I, Cơ quan Thanh tra giám sát ngân hàng là Tổ trưởng; Phạm Quốc Thịnh, Chuyên viên; Phạm Hồng Linh, Thanh tra viên; Nguyễn Lan Hương, Thanh tra viên Vụ I, Cơ quan Thanh tra giám sát ngân hàng là thành viên; có nhiệm vụ tiến hành thanh tra ngân hàng SCB chi nhánh Sài Gòn, chi nhánh Bến Thành và chi nhánh Thăng Long.

Tổ 4 bao gồm: Trần Văn Tuấn, Thanh tra viên chính, Trưởng phòng Nghiệp vụ 2, Vụ Thanh tra khối nội chính và kinh tế tổng hợp, Thanh tra Chính phủ là Tổ trưởng; Trương Việt Hưng; Nguyễn Duy Phương; Nguyễn Hà Linh, Thanh tra viên Vụ II, Thanh tra Chính phủ là thành viên; có nhiệm vụ thanh tra ngân hàng SCB chi nhánh Chợ lớn, chi nhánh Tân Bình, Tân Định và chi nhánh Hà Nội.

Tổ 5 bao gồm: Lê Thanh Hà, Trưởng phòng Kiểm toán Ngân hàng I, Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành VII làm Tổ trưởng; Bùi Vũ Hồng Trang, Phó trưởng phòng Giám sát lĩnh vực ngân hàng, Ban giám sát tổng hợp, Ủy ban Giám sát tài chính Quốc gia; Lại Văn Bách, Phó trưởng phòng tổng hợp, Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành VII; Phạm Thị Thuỳ Linh, chuyên viên phòng Giám sát lĩnh vực ngân hàng, Ban giám sát tổng hợp, Ủy ban Giám sát tài chính Quốc gia là thành viên; có nhiệm vụ tiến hành thanh tra ngân hàng SCB chi nhánh Gia Lai, chi nhánh Phạm Ngọc Thạch và chi nhánh Hai Bà Trưng.

Ngày 7/8/2017, Đoàn thanh tra họp triển khai thực hiện thanh tra Ngân hàng SCB theo Quyết định số 315 và Kế hoạch số 01, nội dung phổ biến kế hoạch thanh tra; Phân công nhiệm vụ thành viên và các Tổ thanh tra; Phương pháp thanh tra; Quy chế báo cáo nội bộ đoàn; Nguyên tắc làm việc, theo đó giao Tổ thanh tra số hai do Nguyễn Thị Phụng làm Tổ trưởng là đầu mối, giúp Trưởng đoàn thanh tra tổng hợp kết quả thanh tra từng thời kỳ theo chế độ báo cáo và tổng hợp chung về kết quả thanh tra đối với các phương án, dự án.

Ngày 15/8/2018, Nguyễn Văn Hưng, người ra Quyết định thanh và Đoàn thanh tra đã công bố Quyết định thanh tra tại trụ sở chính Ngân hàng SCB. Đoàn thanh tra bắt đầu làm việc từ ngày 18/8/2017.

Ngày 24/1/2018, Cơ quan Thanh tra giám sát ngân hàng (Nguyễn Văn Hưng, Phó Chánh thanh tra phụ trách; Đỗ Thị Nhàn, Trưởng đoàn Thanh tra, Nguyễn Thị Phụng, Phó Trưởng đoàn; Vũ Khánh Linh, thành viên Tổ tổng hợp Đoàn thanh tra) và lãnh đạo Ngân hàng Nhà nước tham gia cuộc họp báo cáo Chính phủ về kết quả Thanh tra Ngân hàng SCB.

Nội dung báo cáo này được Đỗ Thị Nhàn chỉ đạo Nguyễn Thị Phụng, Vũ Khánh Linh, Nguyễn Tuấn Anh xây dựng, chỉnh sửa, hoàn thiện để trình Nguyễn Văn Hưng duyệt. Nội dung các báo cáo này chỉ nêu chung chung, báo cáo không trung thực, không đầy đủ theo kết quả thanh tra, cụ thể: Báo cáo không nêu rõ, không đưa số liệu thực trạng tài chính yếu của Ngân hàng SCB (nợ xấu và phân loại nợ xấu, âm vốn chủ sở hữu, lỗ lũy kế, hệ số CAR,…) qua kết quả thanh tra.

Giảm nhẹ, “làm mờ” các vi phạm, sai phạm tại các dự án, phương án tái cơ cấu theo phê duyệt của Ngân hàng Nhà nước so với kết quả thanh tra và nhận xét SCB cơ bản đã chấp hành chỉ đạo của Ngân hành Nhà nước; nội dung không báo cáo chi tiết sai phạm, vi phạm của Ngân hàng SCB đối với khoản vay của nhóm 20/71 khách hàng địa chỉ tại số 4 Nguyễn Thị Minh Khai đã được Tổ thanh tra số 5 phát hiện và nêu tại Báo cáo Đoàn thanh tra. Phần Kiến nghị, Đỗ Thị Nhàn đã chỉ đạo dự thảo nội dung đề xuất Chính phủ cho phép tạo điều kiện cho Ngân hàng SCB tiếp tục triển khai đề án tái cơ cấu.

Sau cuộc họp báo cáo Chính phủ ngày 24/1/2018, trong tháng 2/2018, Nguyễn Văn Hưng tiếp tục chỉ đạo Đỗ Thị Nhàn bổ sung, chỉnh sửa, hoàn thiện dự thảo Báo cáo đoàn thanh tra, Tờ trình báo cáo và dự thảo Kết luận thanh tra, dự thảo báo cáo Chính phủ để trình lãnh đạo Ngân hàng Nhà nước xin ý kiến. Tại các dự thảo Kết luận thanh tra, Đỗ Thị Nhàn chỉ đạo Nguyễn Tuấn Anh, Vũ Khánh bỏ nội dung kiến nghị phân loại nợ Nhóm 4, Nhóm 5 và trích lập DPRR, thoái lãi dự thu, tổng số tiền 21.889,585 tỷ đồng (bao gồm 18.796,466 tỷ đồng trích lập DPRR là và thoái dự thu 3.093,153 tỷ đồng) đối với 3 Dự án tái cơ cấu (Dự án Mũi Đèn Đỏ; Dự án 6A; Dự án Royal Garden) tại Chi nhánh Cống Quỳnh đã được nêu tại Báo cáo Đoàn thanh tra ghi ngày 11/1/2018.

Trong thời gian này, Nguyễn Văn Hưng chỉ đạo Đỗ Thị Nhàn và Tổ tổng hợp gửi các văn bản tới Sở Kế hoạch và đầu tư; Chi cục thuế quận 1, TP. Hồ Chí Minh để xác minh tình trạng đăng ký kinh doanh, kê khai và thực hiện nghĩa vụ thuế; gửi các văn bản tới Trung tâm thông tin tín dụng quốc gia (CIC) về việc tra cứu thông tin dư nợ tín dụng. Bên CIC đã đưa văn bản trả lời. Bên cạnh đó, ngân hàng SCB cũng báo cáo định kỳ cho cơ quan Thanh tra giám sát ngân hàng về chi tiết dư nợ cho vay đối với từng khách hàng.

Tuy nhiên, Nguyễn Văn Hưng, Đỗ Thị Nhàn và Tổ tổng hợp đã không sử dụng, đối chiếu kết quả của CIC và báo cáo giám sát định kỳ của SCB, không báo cáo dư nợ phát sinh mới sau ngày 30/6/2017 của nhóm khách hàng này và không bổ sung danh sách 13 khách hàng khác có cùng địa chỉ số 4 Nguyễn Thị Minh Khai phát sinh dư nợ sau ngày 30/6/2017 vào danh sách 71 khách hàng.

Quá trình dự thảo nội dung báo cáo phục vụ họp báo cáo Phó Thủ tướng Chính phủ ngày 12/3/2018, Nguyễn Văn Hưng chỉ đạo Đỗ Thị Nhàn yêu cầu Ngân hàng SCB báo cáo về dư nợ của các khách hàng doanh nghiệp có địa chỉ số 4 Nguyễn Thị Minh Khai phát sinh trước ngày 30/6/2017 và còn dư nợ đến ngày thời điểm gần nhất.

Quá trình xây dựng báo cáo phục vụ cuộc họp ngày 12/3/2018, Nguyễn Văn Hưng chỉ đạo Đỗ Thị Nhàn và Nhàn chỉ đạo lại Tổ tổng hợp (Nguyễn Thị Phụng, Nguyễn Tuấn Anh, Vũ Khánh Linh) nhiều lần chỉnh sửa, bổ sung; trong các lần chỉnh sửa, Nguyễn Tuấn Anh đã nêu các chỉ tiêu tài chính của Ngân hàng SCB tại thư mục “Thực trạng tài chính của Ngân hàng SCB” qua kết quả thanh tra và đề xuất đủ điều kiện đưa SCB vào kiểm soát đặc biệt, tuy nhiên sau khi trình lên Nguyễn Văn Hưng đã chỉ đạo bỏ nội dung này ra khỏi báo cáo Ngân hàng Nhà nước để báo cáo Chính phủ.

Đồng thời, các nội dung báo cáo thể hiện không trung thực, không đầy đủ, giảm nhẹ, “làm mờ” đi sai phạm, vi phạm của Ngân hàng SCB tại các dự án, phương án tái cơ cấu và các sai phạm đối với việc cho vay so với báo cáo kết quả thanh tra của Đoàn thanh tra; báo cáo không trung thực, không đúng về việc phân loại nợ xấu; phần kiến nghị, nội dung đề xuất Chính phủ tiếp tục tạo điều kiện cho Ngân hàng SCB thực hiện thành công tái cơ cấu, cho phép SCB xây dựng đề án tái cơ cấu điều chỉnh.