Đại biểu đánh giá cao việc dự thảo đã mở rộng phạm vi điều chỉnh, làm rõ hơn chính sách miễn thuế đối với sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa chế biến và chỉ qua sơ chế thông thường. Tuy nhiên, đại biểu đề nghị bổ sung tiêu chí phân biệt giữa sơ chế và chế biến, để hạn chế tranh chấp về thuế, gây rủi ro cho doanh nghiệp cũng như cho cơ quan quản lý.
Đại biểu Thạch Phước Bình, Đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Vĩnh Long, cho biết: “Cần làm rõ tiêu chí phân biệt sơ chế và chế biến dựa trên mức độ gia tăng giá trị, thay đổi tính chất sản phẩm hoặc ứng dụng công nghệ. Đồng thời, hoàn thiện quy định về chứng từ nguồn gốc và quy trình thu mua để vừa tạo thuận lợi cho doanh nghiệp vừa ngăn gian lận thuế, bảo đảm minh bạch và thống nhất trên toàn quốc”.
Một số ý kiến đề nghị xem xét việc áp thuế VAT 5% đối với phân bón trong khi thức ăn chăn nuôi được miễn VAT, nhấn mạnh sự thiếu đồng nhất giữa hai nhóm cùng là đầu vào nông nghiệp.
Đại biểu Trần Văn Lâm, Đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Bắc Ninh, nhận định: “Chính sách VAT đối với đầu vào nông nghiệp còn bất cập: thức ăn chăn nuôi không chịu VAT nhưng vẫn được khấu trừ, trong khi phân bón chịu thuế 5% cũng chỉ để được khấu trừ. Nếu giữ nguyên, chi phí phân bón sẽ tăng, kéo theo giá thành sản xuất, gây thiệt cho doanh nghiệp và nông dân trồng trọt – nhóm đang chịu nhiều tổn thất sau bão lũ và rất cần hỗ trợ”.
Về đề xuất bỏ điều kiện hoàn thuế tại điểm c khoản 9 Điều 15 (“người bán đã kê khai, nộp thuế”), nhiều đại biểu cảnh báo cần cân nhắc, tránh rủi ro tái diễn tình trạng doanh nghiệp trung gian bỏ trốn nhưng hóa đơn vẫn được hoàn thuế.
Đại biểu Hà Sỹ Đồng, Đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Quảng Trị, đề xuất: “Áp dụng cơ chế hoàn thuế tự động theo mức độ rủi ro thay cho quy định chung về rút ngắn thời gian hoàn thuế. Doanh nghiệp tuân thủ tốt được hoàn trong thời hạn cố định, ví dụ 30 ngày; doanh nghiệp rủi ro cao phải kiểm tra trước khi hoàn. Dự thảo cần quy định thời hạn rõ ràng và chế tài với trường hợp cơ quan thuế kéo dài thời gian, gây đọng vốn cho doanh nghiệp”.
Luật Thuế giá trị gia tăng mới có hiệu lực từ tháng 7/2025. Hệ thống văn bản hướng dẫn vẫn trong giai đoạn vận hành đầu, chưa đủ thời gian tổng kết, nên nhiều vướng mắc hiện nay xuất phát chủ yếu từ khâu thực thi, nhất là chậm hoàn thuế.