Sau khi sáp nhập về Học viện Chính trị quốc gia Hồ Chí Minh, Học viện đã nhanh chóng kiện toàn tổ chức, ổn định mô hình hoạt động. Hiện nay, Học viện có 5 đơn vị chức năng tham mưu, 7 khoa chuyên môn, hai trung tâm, một tạp chí khoa học và ba phân hiệu tại Thành phố Hồ Chí Minh, thành phố Đà Nẵng và tỉnh Đắk Lắk, với tổng số 649 viên chức, người lao động.
Mạng lưới tổ chức rộng khắp giúp Học viện gắn kết chặt chẽ giữa lý luận và thực tiễn quản lý tại các vùng, miền; đồng thời tham gia bồi dưỡng, nâng cao năng lực cho đội ngũ cán bộ, công chức, viên chức trong bối cảnh mô hình chính quyền địa phương hai cấp đang được triển khai.
Từ yêu cầu phát triển đất nước trong giai đoạn mới, Học viện đề xuất xây dựng hệ thống đào tạo, bồi dưỡng cán bộ theo hướng dựa trên nền tảng lý luận vững chắc, lấy năng lực quản trị và năng lực thực thi làm trọng tâm; gắn đào tạo với sử dụng và đánh giá cán bộ; hình thành hệ sinh thái đào tạo theo chuẩn năng lực, góp phần nâng cao hiệu lực, hiệu quả của bộ máy hành chính Nhà nước.
Nhấn mạnh tầm quan trọng đặc biệt của quản trị hành chính công trong cấu trúc quản trị quốc gia hiện đại, Thủ tướng Phạm Minh Chính lưu ý, quản lý thiên về tổ chức thực thi, điều phối nguồn lực, giám sát và kiểm soát hoạt động; trong khi quản trị hướng đến thiết lập tầm nhìn, hoạch định chiến lược và xây dựng cơ chế vận hành bảo đảm phát triển đúng hướng, bền vững. Ở tầm quốc gia, quản trị quốc gia là yêu cầu cao hơn của quản lý Nhà nước, đòi hỏi năng lực điều hành toàn diện và hiệu quả. Thủ tướng khẳng định, trong cấu trúc “Đảng lãnh đạo – Nhà nước quản lý – Nhân dân làm chủ”, quản trị hành chính công giữ vị trí trung tâm, là “bản lề” của toàn bộ tiến trình phát triển. Khoảng cách giữa chủ trương và kết quả thực tiễn chính là năng lực quản trị và năng lực tổ chức thực thi chính sách.
Để đáp ứng yêu cầu trong tình hình mới, Thủ tướng đề nghị Học viện Hành chính và Quản trị công thực hiện “5 tiên phong”: tiên phong cụ thể hóa các nghị quyết của Đảng; tiên phong đổi mới tư duy và phương pháp đào tạo gắn với chuẩn năng lực; tăng cường nghiên cứu khoa học, tư vấn chính sách; mở rộng hợp tác trong nước và quốc tế; đẩy mạnh tự chủ và ứng dụng khoa học công nghệ, xây dựng mô hình Học viện “Số – Xanh – Thông minh”.