Theo Từ điển Di tích Văn hóa Việt Nam năm 1993, chùa Trấn Quốc trước khi được rời vào đê Yên Phụ, nguyên là chùa Khai Quốc, được dựng từ thời tiền Lý, gắn liền với vị Hoàng đế đầu tiên của sử Việt. Vua Lý Nam Đế - vị anh hùng của dân tộc đã đánh đuổi giặc ngoại xâm, dựng lên nhà nước đầu tiên của Việt Nam.