Khai thác cá trái phép và phá hủy san hô là các hoạt động có hại và đe dọa nghiêm trọng đến sự tồn tại của hệ sinh thái biển. Để bảo vệ các rạn san hô, nhiều quốc gia đã thực hiện một loạt biện pháp như xây dựng khu bảo tồn, thắt chặt kiểm soát quy định đánh bắt cá, giáo dục nhận thức cộng đồng, tăng cường quản lý giám sát môi trường và quản lý du lịch.