Ở mùa giải trước, các câu lạc bộ được sử dụng 5 cầu thủ ngoại bình cùng 1 cầu thủ Đông Nam Á trong đội hình đăng ký. Trong mùa giải 2025/2026, các CLB được phép sử dụng tối đa là 7 cầu thủ cùng lúc trên sân, tăng lên 2 cầu thủ.
Bên cạnh số lượng cầu thủ ngoại binh thay đổi, Cúp C1 Đông Nam Á 2025/2026 cũng đã thay đổi thể thức và có sự xuất hiện của vòng tứ kết. Mỗi bảng đấu có 6 đội nhưng có tới 4 đội sẽ đi tiếp vòng tứ kết, như vậy cơ hội đi tiếp của CLB CAHN và CLB Nam Định là tương đối dễ dàng khi chỉ cần ít nhất vị trí top 4 tại vòng bảng là đã giành quyền đi tiếp.
Bên cạnh đó, cơ cấu giải thưởng cũng được tăng đáng kể. Theo đó, đội vô địch sẽ nhận về 425.000 USD, tăng 25.000 USD. Trong khi đó, đội Á quân sẽ nhận 215.000 USD, thay vì 200.000 USD như ở mùa giải trước.
Theo lịch dự kiến của Ban tổ chức, CLB CAHN và CLB Nam Định sẽ bắt đầu hành trình tại Cúp C1 Đông Nam Á 2025/2026 vào cuối tháng 8/2025.
