Theo Nghị định số 37/2025 quy định cơ cấu tổ chức của Bộ Giáo dục và Đào tạo , số đơn vị của bộ giảm từ 23 xuống còn 18 đơn vị gồm: Vụ Giáo dục mầm non; Vụ Giáo dục phổ thông; Vụ Giáo dục đại học; Vụ Giáo dục quốc phòng và an ninh; Vụ Học sinh, sinh viên; Vụ Pháp chế; Vụ Tổ chức cán bộ; Vụ Kế hoạch - Tài chính; Văn phòng; Thanh tra; Cục Nhà giáo và Cán bộ quản lý giáo dục; Cục Quản lý chất lượng; Cục Khoa học, Công nghệ và Thông tin; Cục Hợp tác quốc tế; Cục Giáo dục nghề nghiệp và Giáo dục thường xuyên. Các đơn vị này là các tổ chức thuộc bộ giúp bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý Nhà nước.
Tổng cục Giáo dục nghề nghiệp và Vụ Giáo dục thường xuyên tiếp tục thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn theo quy định của pháp luật cho đến khi bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo ban hành quyết định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Cục Giáo dục nghề nghiệp và Giáo dục thường xuyên. Thời hạn hoàn thành trước ngày 31/3/2025.
Các đơn vị khác là: Báo Giáo Dục và Thời Đại; Tạp chí Giáo Dục; Viện Khoa học giáo dục Việt Nam là các đơn vị sự nghiệp công lập, phục vụ chức năng quản lý Nhà nước của bộ.
Ngoài ra, Bộ Giáo dục và Đào tạo thực hiện vai trò cơ quan quản lý trực tiếp các đại học quốc gia; trình Chính phủ quy định cụ thể chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn của đại học quốc gia; trình Thủ tướng ban hành quy chế tổ chức và hoạt động của đại học quốc gia và các cơ sở giáo dục đại học thành viên.
