Theo đại biểu Cường, phần chênh lệch giữa thu và chi tại các cơ sở công lập thực chất không phải là thu nhập. Đây là phần khấu hao còn lại và đáng ra phải được giữ lại để tái đầu tư phát triển cơ sở hạ tầng. Nhưng Dự thảo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp (sửa đổi) lại thu thuế trên phần ấy. “Nó làm mất đi phần ấy đáng ra phải đầu tư vào cơ sở hạ tầng thì lại chuyển ra nộp thuế. Và như vậy, các cơ sở công lập này sẽ không có phần để tái đầu tư để phát triển hạ tầng”, đại biểu Cường băn khoăn.
Phó Chủ nhiệm Ủy ban Kinh tế Tài chính Nguyễn Vân Chi nêu một số thông tin về cơ chế đánh thuế với các đơn vị, sự nghiệp công lập. Hiện nay ta không thu thuế với khoản viện phí, học phí, chỉ khoán 2% doanh thu với các hoạt động bên ngoài, vì vậy, không tính khấu hao doanh thu từ chi phí. “Không hề thu thuế với khoản như viện phí, học phí của các cơ sở bệnh viện, trường học công lập đang tự chủ.”, bà Chi khẳng định.
Tranh luận thêm về vấn đề này, đại biểu Hoàng Văn Cường nêu quan điểm: Những gì là liên doanh liên kết, vì mục tiêu lợi nhuận thì phải nộp thuế. Những đơn vị tự chủ, lẽ ra nhà nước đầu tư ngân sách, nhưng đơn vị tự chủ, tự thu thì phần ấy không thu thuế. “Nên ta cần sửa lại là không phải sử dụng ngân sách thì là đè ra thu thuế.”, ông Cường nói thêm.
Đại biểu Nguyễn Lân Hiếu (Đoàn Bình Định) cho rằng: Các cơ sở y tế hiện nay cũng đang gặp vướng mắc với quy định nộp thuế thu nhập doanh nghiệp 2% trên tổng số thu hoạt động dịch vụ khám chữa bệnh. Nếu chỉ tính thuế này trên dịch vụ khám theo yêu cầu là hợp lý, khám liên kết v.v. là hợp lý. Nhưng hiện nay, cơ quan thuế lại căn cứ vào chữ “dịch vụ” để thu thuế, cứ hoạt động nào có chữ “dịch vụ” là thu thuế, tức đại đa số hoạt động dịch vụ đều bị thu thuế. Đại biểu Hiếu đề xuất bổ sung quy định này theo hướng: “Đơn vị sự nghiệp công lập không phải nộp thuế đối với khoản thu từ dịch vụ khám chữa bệnh chưa tính đủ các chi phí hình thành giá dịch vụ như chi phí nhân công, chi phí trực tiếp, chi phí khấu hao thiết bị y tế, tài sản cố định, chi phí quản lý”.
Giải trình trước Quốc hội, Bộ trưởng Bộ Tài chính nêu rõ: Nhiều đơn vị sự nghiệp công lập, cung cấp dịch vụ dùng ngân sách hoặc một phần ngân sách. Do vậy, nếu các đơn vị sự nghiệp công lập (như y tế, đào tạo...) tự quyết giá dịch vụ theo thị trường thì khoản thu nhập này phải tính thuế là hợp lý.
“Đơn vị sự nghiệp công dùng kinh phí Nhà nước, giá dịch vụ cung ứng chưa tính đủ chi phí thì ngân sách hỗ tợ một phần trong cơ cấu giá không phải hoạt động tạo ra lợi nhuận, nên có thể được hưởng ưu đãi, miễn thuế”, Bộ trưởng khẳng định.
Bộ trưởng cũng cho biết thêm, tại dự thảo luật cơ quan soạn thảo quy định miễn thuế với đơn vị sự nghiệp công lập cung cấp dịch vụ công cơ bản thiết yếu, dịch vụ công Nhà nước phải hỗ trợ để đảm bảo kinh phí hoạt động hoặc dịch vụ công tại địa bàn khó khăn. Đơn vị sự nghiệp công lập được giảm một nửa (50%) thuế thu nhập cá nhân nếu cung ứng dịch vụ tại địa bàn kinh tế xã hội khó khăn.
